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有益土壤微生物除了轉(zhuǎn)變有機(jī)質(zhì)為營養(yǎng)成分之外，它對(duì)促進(jìn)植物生長相輔相成，其功用可略分如下：
 

分解有機(jī)物質(zhì)：土壤中有機(jī)質(zhì)必須經(jīng)過微生物分解成小分子的營養(yǎng)物質(zhì)之后，才能為植物所吸收，同時(shí)微生物也必須靠這些物質(zhì)分解時(shí)，取得能量與養(yǎng)分，才能大量繁殖以發(fā)揮其功能。此外，微生物分泌的各種有機(jī)養(yǎng)分及其代謝物也可供植物吸收。

土壤改良：微生物的繁殖除了可分泌大量多醣類黏液、促使土壤團(tuán)?；?，并可排出各種氣體，包括二氧化碳、甲烷氣。每1公克土壤之中，平均含有2億個(gè)微生物體，其排出之氣體與氣壓足以疏松土質(zhì)、增進(jìn)土壤空隙度與耕耘深度。絲狀菌的大量繁殖，其菌絲之繁衍亦有助于土壤之改良。土壤微生物除了此類直接影響土壤物理性質(zhì)的作用外，它并可分泌大量生化物質(zhì)，包括氨基酸、核酸、醣類、活性酵素、抗菌物質(zhì)、溶磷物質(zhì)等等，以改良土壤生物性、化學(xué)性，并能抑制病原菌的增殖。

拮抗作用：微生物在土壤中的密度達(dá)到一定限度時(shí)，為了確保自己生存的環(huán)境，微生物將分泌一些對(duì)其他微生物之生存具有抑制作用的物質(zhì)或方法，如噬食、寄生或殺菌物質(zhì)、溶菌物質(zhì)的分泌，此為拮抗作用，能夠產(chǎn)生拮抗作用的微生物即稱之為拮抗微生物。在土壤微生物，如果含有足夠的拮抗微生物，則土壤中，甚至于植物體中的病原菌即可減少，甚至滅絕，如此可減少農(nóng)藥的需求量，以期將來進(jìn)入完全不用農(nóng)藥的有機(jī)農(nóng)業(yè)、自然農(nóng)業(yè)的境界。

造肥作用：空氣中含有80%的氮?dú)?，但是這種氣態(tài)的氮分子（N?）植物不能吸收利用，必須經(jīng)過固氮菌的作用才能供給植物吸收。其實(shí)，整個(gè)大自然的氮?dú)庋h(huán)不已，稱之為「氮循環(huán)」，植物吸收氮肥而成長，動(dòng)物又?jǐn)z食植物而成長，最后兩者的尸體及動(dòng)物排棄物，均需由微生物來將它腐化，其結(jié)果氮素以氨氣的形態(tài)產(chǎn)生，此氨氣又由亞硝酸菌和硝酸菌的連續(xù)作用而化為可供植物吸收利用的硝酸態(tài)氮，這些硝酸態(tài)氮的一部分由脫氮菌又將它游離進(jìn)入空氣中，這些空氣中的游離氮再由固氮菌轉(zhuǎn)為植物可吸收的氮肥，周而復(fù)始在大自然中循環(huán)不已。

解決土壤硬化板結(jié)：土壤中無機(jī)磷肥常與鋁、鐵、鈣質(zhì)結(jié)合成不溶性復(fù)合物，不溶于水，又造成土質(zhì)硬化現(xiàn)象。大多數(shù)的土壤微生物都能分泌酸性物質(zhì)以助磷質(zhì)的可溶化，提供植物吸收，增進(jìn)磷肥。

防止肥料流失：施在土壤上的化學(xué)肥料，大約有一半以上會(huì)隨雨水或灌溉滲漏到地下水或流至河流及湖泊。河流或湖泊累積的肥料，可能導(dǎo)致水的富氧化現(xiàn)象，使得水中的藻類大量繁殖，因而破壞自然生態(tài)的平衡。利用土壤中的微生物，轉(zhuǎn)化為菌體營養(yǎng)，釋放給植物利用，藉此一步步降低化肥流失所帶來的生態(tài)耗損。

由于微生物這些作用，土壤養(yǎng)分才能充分發(fā)揮它的效果，要培養(yǎng)大量有益微生物于耕地上，最先必須準(zhǔn)備一個(gè)適合微生物生存繁殖的有機(jī)溫床，耕地上不但必備微生物的糧食─有機(jī)物質(zhì)之外，并須注意到土壤空隙度、保水性以提供微生物生存所需的氧氣及水分。然后定期地補(bǔ)充綜合微生物群，以維持有益微生物的菌群優(yōu)勢(shì)來對(duì)抗病原菌的侵入，發(fā)揮其造肥、抑病的效果。